Twist Oligo pools (寡核苷酸池)之优势及应用
Twist Oligo pools (寡核苷酸池)之优势及应用
继上篇&苍产蝉辫; 介紹了Twist 基因合成的優勢及特點後
今天要來為大家介紹的是Twist 可以為您提供的省时省力大规模筛选工具：Oligo pools(寡核苷酸池)！
Twist Oligo Pools是利用矽基 DNA 編寫技術所合成的高度多樣化的單鏈寡核苷酸 (single-stranded oligo nucleotides) 集合。Twist的合成平臺可以在單次運行中大規模平行合成數十萬個高品質且高度準確的寡核苷酸。Oligo Pools具有多種用途，包括 CRISPR guide RNA (sgRNA) libraries的構建、肽和蛋白質筛选，以及高通量報告基因分析 (high-throughput reporter assays)。
Twist Oligo Pools優勢
1. 精確編輯目標位點
• 針對特定目標精確合成
• 行業領先的低錯誤率 1:3,000 nt
2. 最大化筛选效率
• 均一的合成，確保出色的oligo呈現
• 90% 以上的oligo在平均產量的2.5 倍內出現
3. 靈活的Oligo Pools大小，可以充分符合您的筛选需求
• 針對您的檢測來設計Oligo Pools
• 具有可擴展性，可訂購您需要的Oligo數量 (≧2)
▲Twist Oligo Pools在高度均一的條件下合成，90% 的序列在平均產量 2.5 倍內出現，保證了 100% 的占比（左）。行業領先的低錯誤率 (1:2,000 nt)，確保高度的目標特異性（右）。
▲對由 Twist Bioscience（左）和競爭者基於陣列（右）合成的Oligo Pools進行擴增、Clone到載體並測序以研究Oligo Pools中各序列比例。從每個Oligo Pools生成的經過 NGS 驗證的Clone表明 Twist Bioscience Oligo Pools中的序列具有更均一的序列比例。
▲通過Twist Bioscience 和array-based competitor的oligo pools之測序分析表明，與競爭對手相比，Twist oligo pools包含 100% 的預期序列和更高百分比的正確序列。
Oligo pools應用介紹
1. 用於 CRISPR 筛选的guide RNA 文庫
CRISPR 筛选涉及基因活性的精確、高通量敲除、干擾或調節，可揭示複雜的基因型-表型相互作用。Oligo pools目的在為每個基因編碼多個guide RNA 分子。
产物优势包括：
- 對guide library設計的完全控制，避免不必要的guide分子、浪費測序量和有限的guide-per-gene比率。
- 高傳真 (high-fidelity) 的Cas 酶與高精度合成互相輔助，可實現真正的高传真筛选，且将脱靶效应降至最低。
- 无与伦比的均一性、无偏差的辫辞辞濒蝉可实现放大的讯噪比，以实现最大的命中性检测，从而降低了下游成本。
- 最多 300nt 的Oligos可為其他實驗元素騰出空間。根據Oligo、基因組同源性或最少啟動子，輕鬆添加多個guides。
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2. 基因組陳列式文庫 (Genome tiling libraries)
陳列式文庫可對基因組功能進行全面研究。Oligo pools可編碼肽陣列，mRNA 編碼序列或基因組片段。
产物优势包括：
- 精準陈列基因组的目标区域。通过在设计步骤中忽略不必要的序列来降低实验杂讯。
- 通常无法合成為基因的复杂、重复或回文序列，可以在翱濒颈驳辞蝉中编码。
- 較大的肽結構或基因組結構可在長度為 300nt 的Oligos中編碼。
- 均一的合成可最大程度地減少全面筛选可能造成的過度採樣。
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3. 高通量遺傳控制筛选(High throughput genetic control screens)
了解控制基因表達和調控的遺傳因子已廣泛應用於合成生物學和潛在疾病療法的開發中。Oligo pools為基因控制的高通量筛选提供了動力，包括基因表達譜分析和基於報告基因的應用。
产物优势包括：
- 高品质的辫辞辞濒蝉确保您可以研究每个硷基的功能
- 高度均一性意味著您無需筛选過多就能找到答案
- 高達 300nt 的pools使您可以灵活地添加多个元素或同源区域
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4. 螢光原位雜交
螢光原位雜交（FISH）可以直接觀察到生物樣本中核酸的表達和空間組織情況。Oligo pools可以編碼與螢光標記結合的探针，从而對大量目標進行可調、可編程的視覺化 (programmable visualization)。
产物优势包括：
- 快速的 FISH 探针開發
- 序列控制可实现有效的目标定位
- 更长的翱濒颈驳辞蝉可实现更具体的目标定位
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Oligo Pools Design. Build. Test.
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